De missie van het NIOZ is het verkrijgen en verspreiden van wetenschappelijke kennis van zeeën en oceanen voor een beter begrip en een duurzaam beheer van onze planeet, het beheren van de nationale faciliteiten voor zeeonderzoek en het ondersteunen van marien onderzoek en onderwijs in Nederland en in Europa.
Het NIOZ heeft vestigingen op Texel en in Yerseke. Hier werken zo'n 350 mensen. Het NIOZ heeft verschillende onderzoeksschepen, waaronder het oceaanschip de RV Pelagia.